塑料周轉箱在用以過慮、水產養殖、儲放食品等特殊用途時必須對殼體開展消毒殺菌解決。實際消毒方式能選高溫消毒、消毒液擦洗或是臭氧消毒。
高溫消毒法：應用高溫蒸煮能夠解決塑料周轉箱表面大部份常見的細菌，在一定程度上達到消毒目的。應用這類消毒方式，消毒溫度要依據塑料周轉箱的耐熱水平進行調整。
擦洗消毒液：先在塑料周轉箱表面擦洗84消毒液、高錳酸鉀等消毒液，消毒之后再用冷水清洗即可。注意采用的消毒液不會對塑料周轉箱產生化學變化，且應用劑量要控制好。
臭癢消毒：把塑料周轉箱置于臭氧環境下進行除菌消毒。由于臭氧是一種氧化劑，高濃度臭氧可能加速塑料周轉箱的老化速率，因此把二氧化碳濃度適度減少到一定程度后，對塑料周轉箱的影響才能變得微乎其微。